Jenjang pendidikan di Dayah MUDI Mesjid Raya Samalanga terdiri dari:
  • Mu'adalah Aliyah (3 tahun)
  • Salafiyah (3 tahun), atau
  • Ma'had 'Aly (4 tahun)
Santri yang baru masuk ke Dayah MUDI akan belajar di jenjang Mu'adalah Aliyah I atau disebut juga kelas 1 dengan mata pelajaran yang terlampir di bawah. Setelah menyelesaikan program Mu'adalah Aliyah, santri yang berprestasi mendapatkan opsi untuk belajar di Ma'had Aly yang berijazah setara sarjana S1 dan telah diakui oleh pemerintah. Bagi yang tidak, akan melanjutkan pendidikan di jenjang Salafiyah (kelas 4) dan berhak mendapatkan ijazah dayah setelah tiga tahun.

Catatan :      
Di setiap jenjang juga terdapat pelajaran pendukung/ekstrakurikuler dalam bentuk pembelajaran Bahasa Arab, Bahasa Inggris, Tahfiz Al-Qur'an, Metode Dakwah, seni suara, seni lukis, kursus menulis, kursus menjahit, budidaya tanaman, praktik Ekonomi Mikro, dan praktik lapangan (mengajar di dayah cabang dan TPQ).      
 
1. MU'ADALAH ALIYAH DAN SALAFIYAH

JENJANG/KELAS MATA PELAJARAN KITAB RUJUKAN
Mu'adalah/I Fiqh Fathul Qarib Al-Mujib
Nahwu Mutammimah Al-Jurumiyah
Sharaf Matan Al-'Izzi
Tasawwuf Ta'lim Wal Muta'allim
Tauhid Matan Al-Jauharah
Tajwid Hidayah Al-Mustafid
Hadits Al-Arba'in An-Nawawiyyah
Tarikh Khulasah Nurul Yaqin (1&2)
Al-Quran
Khat/Imlak
JENJANG/KELAS MATA PELAJARAN KITAB RUJUKAN
Mu'adalah/II Fiqh Fathul Mu'in
Nahwu Alfiyah Ibnu Malik
Sharaf Salsul Madkhal
Tasawwuf Daqaiqul Akhbar
Tauhid Kifayatul Awam
Ushul Fiqh Syarah Al-Waraqat
Mantiq As-Sulam Al-Munawwaraq
Hadits Mukhtasar Ibnu Abi Jamrah
Tarikh Khulasah Nurul Yaqin (3)
Faraidh Matan Ar-Rahbiyyah
Ilmu Hadits Minhatul Mughis
Al-Quran
Khat/Imlak
JENJANG/KELAS MATA PELAJARAN KITAB RUJUKAN
Mu'adalah/III Fiqh Fathul Mu'in
Nahwu Alfiyah Ibnu Malik
Sharaf Mathlub
Tasawwuf Nasaihul 'Ibad
Tauhid Syarah Al-'Allamah Al-Hudhudi
Ushul Fiqh Lathaiful Isyarah
Mantiq Idhahul Mubham
Balaghah Tuhfatul Ikhwan & Jauhar Maknun
Hadits Al-Majalis As-Saniyyah
Tarikh Tarikh Al-Hawadis wa Al-Ahwal An-Nabawiyyah
Faraidh Matan Ar-Rahbiyyah
Qawaid Fiqhiyyah Al-Fawaid Al-Janiyyah
Ilmu Hadits Al-Minhal Al-Lathief
Ilmu Tafsir Qawaid Al-Asasiyyah
Ilmu 'Arudh Al-Mukhtasar As-Syaafi
Ilmu Falak Istilah & Rumus Dasar Ilmu Falak
Al-Quran
Khat/Imlak
JENJANG/KELAS MATA PELAJARAN KITAB RUJUKAN
Salafiyah/IV Fiqh I Al-Mahally 'Ala Minhaj At-Thalibin
Fiqh II Tuhfah At-Thullab Syarah Tahrir Tanqih Al-Lubab
Nahwu Alfiyah Ibnu Malik
Sharaf Mathlub
Tasawwuf Minhajul Abidin
Tauhid Ummul Barahain
Tafsir Al-Jalalain
Ushul Fiqh Ghayah Al-Wushul
Mantiq Syarah As-Sullam Al-Munawwaraq
Balaghah Hilyat al-Lubb al-Mashun Syarah al-Jauhar al-Maknun
Hadits Al-Majalis As-Saniyyah
Tarikh Tarikh al-Tasryi' al-Islamiy
Qawaid Fiqhiyyah Al-Fawaid Al-Janiyyah
Ilmu Hadits Syarah Al-Baiquniyyah
Ilmu Tafsir Al-Itqan fi Ulum al-Quran
JENJANG/KELAS MATA PELAJARAN KITAB RUJUKAN
Salafiyah/V Fiqh I Al-Mahally 'Ala Minhaj At-Thalibin
Fiqh II Tuhfah At-Thullab Syarah Tahrir Tanqih Al-Lubab
Nahwu Alfiyah Ibnu Malik
Sharaf Mathlub
Tasawwuf Minhajul Abidin
Tauhid Ummul Barahain
Tafsir Al-Jalalain
Ushul Fiqh Ghayah Al-Wushul
Mantiq Syarah As-Sullam Al-Munawwaraq
Balaghah Hilyat al-Lubb al-Mashun Syarah al-Jauhar al-Maknun
Hadits Al-Majalis As-Saniyyah
Tarikh Tarikh al-Tasryi' al-Islamiy
Qawaid Fiqhiyyah Al-Fawaid Al-Janiyyah
Ilmu Hadits Syarah Al-Baiquniyyah
Ilmu Tafsir Al-Itqan fi Ulum al-Quran
JENJANG/KELAS MATA PELAJARAN KITAB RUJUKAN
Salafiyah/VI Fiqh I Al-Mahally 'Ala Minhaj At-Thalibin
Fiqh II Tuhfah At-Thullab Syarah Tahrir Tanqih Al-Lubab
Nahwu Alfiyah Ibnu Malik
Sharaf Mathlub
Tasawwuf Minhajul Abidin
Tauhid Ummul Barahain
Tafsir Al-Jalalain
Ushul Fiqh Ghayah Al-Wushul
Mantiq Syarah As-Sullam Al-Munawwaraq
Balaghah Hilyat al-Lubb al-Mashun Syarah al-Jauhar al-Maknun
Hadits Al-Majalis As-Saniyyah
Tarikh Tarikh al-Tasryi' al-Islamiy
Qawaid Fiqhiyyah Al-Fawaid Al-Janiyyah
Ilmu Hadits Syarah Al-Baiquniyyah
Ilmu Tafsir Al-Itqan fi Ulum al-Quran
Hadis Ahkam Ahkam al-Quran li Iman al-Syafi'ie
Ayatul Ahkam Fathu al-'Allam bi Syarhi al-I'lam bi Ahadits al-Ahkam

2. MA'HAD ALY
JENJANG/SEMESTER PELAJARAN
Ma'had Aly/I Bahasa Indonesia
Bahasa Arab
Bahasa Inggris
Ilmu Nahwu
Ilmu Sharaf
Pengantar Fiqh
Pengantar Ushul Fiqh
Aplikasi Komputer
JENJANG/SEMESTER PELAJARAN
Ma'had Aly/II Fiqh Mu'amalah I
Fiqh Faraidh dan Washiyat
Fiqh Nikah I
Qiyas
Qawaid Fiqhiyyah
Pengantar Metodologi Penelitian
Ayat Ahkam
JENJANG/SEMESTER PELAJARAN
Ma'had Aly/III Dinamika Fiqh dan Ushul Fiqh
Fiqh Thaharah I
Fiqh Shalat I
Fiqh Zakat I
Mabahis al-Aqwal I
Ulumul Qur'an
Ulumul Hadits
Filsafat Hukum Islam
JENJANG/SEMESTER PELAJARAN
Ma'had Aly/IV Fiqh Muamalah II
Fiqh Nikah II
Fiqh Jinayat I
Istidlal
Ta'adul Wa Tarajih
Sirah Nabawiyah
Metodologi Penelitian Hukum
JENJANG/SEMESTER PELAJARAN
Ma'had Aly/V Fiqh Thaharah II
Fiqh Shalat II
Fiqh Zakat II
Mabahis al-Aqwal II
Tarikh Tasyri'
Ilmu Mantiq
Ilmu Balaghah
Penulisan Karya Ilmiah
JENJANG/SEMESTER PELAJARAN
Ma'had Aly/VI Fiqh Jinayat II
Fiqh Qadha'
Ijtihad
Fiqh Muqarran
Praktik Mubahasah wal Muhadharah
Hadits Ahkam
JENJANG/SEMESTER PELAJARAN
Ma'had Aly/VII Fiqh Shalat Jama'ah
Fiqh Puasa
Fiqh Puasa dan Umrah
Al-Sunnah
Ijma'
Maqasid Al-Syar'iyyah
Ilmu Kalam
Ilmu Tasawuf
JENJANG/SEMESTER PELAJARAN
Ma'had Aly/VIII Seminar Proposal
KPM
Risalah